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Hochauflösende Charakterisierung von DNA-Amplifikationen beim Pankreaskarzinom

Amplifizierung von genomischer DNA ist einer der Mechanismen, die zu einer erhöhten Genexpression führen. Auch beim Pankreaskarzinom wurden in den letzten Jahren eine Reihe von Regionen entdeckt, die amplifiziert sein können. Wir nutzten die Technik der genomischen DNA-Chip-Hybridisierung (sogenannte Matrix-CGH) für die Analyse von Pankreaskarzinom-Zelllinien sowie primären Pankreastumoren. Dabei wurden Amplifikationen von Genen entdeckt, für die bislang eine pathogenetische Rolle beim Pankreaskarzinom nicht beschrieben ist. Die Charakterisierung solch amplifizierter DNA-Regionen kann als Ausgangspunkt zur Identifizierung von Kandidatengenen für die Entschlüsselung der Pathogenese beim Pankreaskarzinom dienen. Ziel unseres Projektvorschlages ist es, basierend auf einer verfeinerten genomischen DNA-Chip-Hybridisierung ausgewählte Amplifikationsregionen detailliert zu charakterisieren. Dabei sollen schrittweise folgende Ziele erreicht werden:

1. Genomische DNA-Chip-Hybridisierung mit einer neuen Generation von DNA-Arrays, die das Genom im Abstand von 1-2 Megabasen abdeckt. Mit dieser Array-Generation sollen 50-100 Pankreaskarzinome analysiert werden.
2. Basierend auf den bereits jetzt erhobenen Daten sowie aus den Daten aus 1. soll ein Array aufgebaut werden, in dem rekurrent amplifiziert gefundene DNA-Regionen durch Contigs abgedeckt werden (beispielsweise Chromosomenregionen 1p36, 7q35q36, 12q12q13, 20q13).
3. Mit diesen Contigs sollen dann die kleinsten gemeinsam amplifizierten Regionen bei den Primärtumoren sowie bei Pankreaskarzinom-Zelllinien identifiziert werden.
4. Basierend auf den Befunden aus 3. werden Expressionsanalysen von Genen aus den Konsensusregionen mittels quantitativer Realtime-PCR Untersuchungen durchgeführt.
5. Basierend auf den Ergebnissen aus 3. und 4. sollen einzelne Kandidatengene ausgewählt werden, für die weiterführende Analysen durchgeführt werden.