Die molekulare Pathologie - als Ergänzung zur morphologischen Gewebebegutachtung – hat sich in den letzten Jahren enorm entwickelt und repräsentiert mittlerweile das am stärksten wachsende und sich am schnellsten entwickelndes Teilgebiet der Pathologie. Die Molekularpathologie hilft bei der Erstellung exakter Diagnosen und bei Therapieentscheidungen. Sie bildet hierbei häufig die Grundlage der sogenannten „personalisierten Medizin“, bei dem Patienten eine individuell angepasste Therapie angeboten werden kann.
Zahlreiche Methoden aus dem Bereich der Molekularbiologie werden hierbei für die diagnostischen Fragestellungen im Bereich der Tumor- sowie Erregerdiagnostik adaptiert und in unserem Labor angeboten.
Die zur Anwendung kommenden Assays beruhen im Wesentlichen auf der Methode der Polymerasekettenreaktion, häufig in Kombination mit nachgeschalteter Sequenzanalyse, jedoch finden auch Hybridisierungstechniken, wie die Fluoreszenz in situ Hybridisierungen, bei der spezifische DNA-Proben zum Nachweis von chromosomalen Veränderungen eingesetzt werden, eine breite Anwendung. Vor einigen Jahren hat eine neue Sequenzier-Technik in diesem Gebiet Einzug gehalten, die eine Vielzahl dieser einzelnen Analysen auf einem singulären System parallel zusammenfassen kann. Hierbei handelt es sich um die sogenannte gezielte massive Parallelsequenzierung („Targeted Next Generation Sequencing“), mit der im Prinzip jedwede Art von Nukleinsäureanalytik durchgeführt werden kann. Zur Anwendung in unserem Labor kommt hier unter anderem die „Panelsequenzierung“, bei der mehrere hundert Mutationshotspots in einer Vielzahl von Genen parallel analysiert werden können, sowie die Sequenzierung aller codierenden Genabschnitte (whole exome sequencing WES) oder des ganzen Genoms (whole genome sequencing, WGS).
Daneben kommen Translokationspanels (RNA-basiert), die gezielt für die Analytik bestimmter Tumorentitäten entwickelt wurden (Lungenkarzinome) zum Einsatz. Diese Panels werden in regelmäßigen Abständen entsprechend der aktuellen wissenschaftlichen Erkenntnisse auf den neuesten Stand gebracht.
Mittels dieser Methoden erfolgen bei uns molekularpathologische Untersuchungen:
- in-situ Analysen zum Nachweis von Translokationen/ Amplifikationen/ Deletionen in Tumoren
- PCR- basierte Nachweise von Bakterien und Viren
- Methylierungsnachweis mittels quantitativer PCR oder Chip-Sequenzierung
- PCR- basierte Untersuchung der Mikrosatelliten- Instabilität
- PCR- basierte Identitätsbestimmung über Short Tandem Repeats
- Sequenzuntersuchungen mittels massiver paralleler Sequenzierung Multigen- Panel, Whole Exome Sequencing, Whole Genome Sequencing zur Erstellung eines Mutationsprofils eines Tumors mit dem Ziel der Therapiestratifizierung
- Genexpressionsuntersuchungen zur Risikoabschätzung bei selektierten Tumorentitäten (z. B. Endopredict beim Mammakarzinom)
- Nachweis von Primär- und Resistenzmutationen an ctDNA mittels Parallelsequenzierung (Liquid Biopsy)
Übersicht NGS Analytik
